De la fusión de dos clubes nació un 16 de Octubre de 1941 el Pontevedra Club de Fútbol. Ese día, en el paseo de Las Palmeras, las juntas directivas del Alfonso CF y del Eiriña llegaron a un acuerdo para que estos dos clubes se fusionasen y que en la ciudad existiese un solo club que recibiese el apoyo de toda la ciudad y que representase dignamente al fútbol pontevedrés por toda la geografía española.
El Pontevedra CF disputó su primer encuentro en el Estadio de Pasarón el 28 de diciembre de 1941 contra el Celta, un partido que finalizó con empate a tres goles. Besada, Pinocho y Foro tuvieron el honor de ser los primeros goleadores granates. El estreno en competición oficial se produciría en el Campeonato Gallego de Aficionados, un 22 de febrero de 1942 y con el Santiago como rival, partido que se salda con derrota por la mínima. Un mal comienzo pero que acabó con el Pontevedra CF haciéndose con el título de campeones gallegos. Tras dar sus primeros paso, el Pontevedra CF vive su primera gran época entre los años 1945 y 1948, el llamado "Trienio de Oro": en 1945 el equipo granate comienza su andadura por la Tercera División; se estrena con un tercer puesto en esa categoría, y en las dos temporadas siguientes consigue el título de campeón de la categoría. A pesar de no poder lograr dar el salto de categoría, el equipo empieza a codearse con buenos equipos. Ya en los años cincuenta, el panorama cambia por completo y el Pontevedra CF pasa por malos momentos deportivos y pasa de luchar por ascender a intentar mantener la categoría; en la temporada 1956-57, se consuma el descenso del equipo a Regional, todo motivado por una serie de circunstancias y en especial, por una mala gestión por parte de la junta directiva. De toda la historia de este club, la década de los cincuenta es considerada como la más decepcionante. Por suerte, el paso del Pontevedra CF por la categoría regional fue efímero, ya que el equipo retorna rápidamente a la Tercera División. La suerte para el club granate cambia y este logra estabilizarse en la categoría.
Ya en los años 60 llegarían las mejores épocas del Pontevedra CF. Después de cinco intentonas, el 16 de junio de 1960 el equipo derrota en León al Burgos, con un solitario gol de Guillermo en la prórroga, en el partido de desempate y consigue el primer ascenso a la Segunda División. Si ya pocos podían imaginar al Pontevedra CF en la categoría de plata, eran contados los que apostaban por ver a su equipo en lo más alto. En la temporada 1962-63 llegaría la gesta del conjunto pontevedrés, que después de conquistar el título de campeón del grupo septentrional de Segunda División lograría ascender. En abril de 1963 Pontevedra vivió una semana de alegrías y emociones fuertes. Con 22 años de historia, el equipo rozaba el sueño de lograr subir a lo más alto del balompié nacional. A falta de dos jornadas para el final del campeonato y tras deshacerse de su inmediato perseguidor, el Español, por 1-2 en Sarriá en la jornada anterior, el Pontevedra CF necesitaba sacar al menos un punto ante el Celta en Pasarón para certificar su ascenso a Primera División. Rafa Ceresuela, en el ya conocido como "gol del ajo", le daba al cuadro granate el punto que necesitaba el equipo para poder celebrar el ascenso. Con sólo 2.700 socios y un presupuesto de algo más de 2.200.000 pesetas, el Pontevedra CF se codeó con los más grandes e hizo realidad el sueño de miles de aficionados. Fue un verdadero sueño lo que vivió en aquellos la afición.
Tras competir con los mejores en la temporada 1963-64, el equipo perdería la categoría y lograría un año más tarde volver a Primera División. Tras este segundo ascenso a la máxima categoría, pocos se imaginaban lo que haría el equipo durante un lustro entre los grandes del fútbol español. Nació un mito, una época añorada en la ciudad y respetada en el resto de la geografía nacional: el ?Hai que Roelo? fue una realidad que se consagró durante cuatro maravillosos años de Primera División. Fue en la temporada 1965-66 en la que el Pontevedra CF logró su mejor clasificación histórica, logrando al final de liga una más que meritoria séptima plaza en la clasificación. Pero quizás el momento más importante del club llegaría una temporada más tarde, cuando el equipo lograba auparse a lo más alto de la tabla clasificatoria en dos ocasiones, la primera de ellas un 10 de noviembre de 1965 (empatado a puntos con el Real Madrid y el Atl. Madrid, pero por delante de ellos gracias a la diferencia de goles), y la otra, el 28 de noviembre de ese mismo año, cuando derrotaba en Pasarón al Atlético de Madrid (invicto hasta aquella fecha) por la mínima gracias al gol de Odriozola, que le convertiría en flamante líder de Primera División. En aquella temporada, el Pontevedra CF lograría el subcampeonato de invierno. Tambíen pasaron a la historia granate las victoria ante el Real Madrid en Pasarón por 1-0 (el 3 de Marzo de 1964) y por 3-0 (el 17 de diciembre de 1967), la victoria por la mínima conseguida en el Camp Nou ante el FC Barcelona (el 9 de octubre de 1966) o el empate sin goles conseguido en el Santiago Bernabeu en la temporada 1968-69.
Tras esta gloriosa época en la élite del fútbol español, el Pontevedra CF desciende a Segunda División en la temporada 1969-70 y comienza un nuevo período de decandencia que da con el club granate en la Tercera División tres años más tarde de abandonar la máxima categoría. Con la llegada de los 70, aparecen los problemas económicos. El equipo vive a caballo entre la Segunda y la Tercera División, lo que llevó a que lo conocieran como equipo ascensor. El equipo logra ascender de nuevo en la temporada 1975-76 tras derrotar al Lemos en Pasarón, y cinco años más tarde vuelve a la Tercera División, inmerso en una grave crisis económica.
Es entonces cuando el club encontró el apoyo de la ciudad, pues el número de socios aumentó y la deuda existente fue condonada. Tras dos fallidos intentos de dar el salto de categoría, el Pontevedra CF logra el ascenso a la Segunda División B en la temporada 1983-84, tras deshacerse en la promoción de ascenso del Eibar, equipo que un año antes le ?robara? el ascenso a los granates.
La historia del Pontevedra CF entre la segunda mitad de los años ochenta y la década de los noventa transcurre por la Segunda División B, categoría en la que se asienta el equipo. Ante la ausencia de éxitos deportivos, la atención la centran de nuevo los problemas económicos por los que pasa el club y que a punto estuvieron de provocar la desaparición del mismo. Tras once años en la categoría de bronce, el conjunto granate consigue clasificarse para los play off de ascenso; queda encuadrado en el mismo grupo que el Numancia, el Ecija y el Levante, pero finalmente no logra el ansiado ascenso. La llegada de Nino Mirón en 2001 supuso un cambio para bien para la entidad en todos los aspectos. El club se estabilizó tanto económica como deportivamente con la llegada del actual presidente y desde principios de 2007, máximo accionista de la entidad. De salvar la categoría ante el Ourense en O Couto en la última jornada de la temporada 2000-01, en las siguientes tres temporada el equipo logra clasificarse para los play-off por el ascenso a la Segunda División, y es a la tercera intentona, concretamente el 27 de Junio de 2004, cuando el Pontevedra CF consigue el ascenso a la categoría de plata del fútbol español tras derrotar en el sexto y último partido de la liguilla al Lorca por 3-0, en un Estadio de Pasarón que presentó una impresionante entrada.
En la temporada 2004-05, el equipo granate no logra mantener la categoría debido a una mala primera vuelta de competición y confirma la vuelta de nuevo al pozo de la Segunda B en la penúltima jornada de liga. Un año más tarde, el equipo logró un buen segundo puesto al final de liga pero a la primera de cambio fue eliminado por el filial del Sevilla en una tarde fatídica en Pasarón en la que los pontevedreses desperdiciaron la ventaja de dos goles que traían de la ciudad hispalense.
65 años más tarde, el Pontevedra CF, ya convertido en Sociedad Anónima Deportiva, lucha por hacerse de nuevo un nombre en el fútbol profesional, basado en un gran momento económico y deportivo y el apoyo de una importante masa social.
